Seguiu-se Broken Arrow (Operação Flecha Quebrada ou A Última Ameaça - BR, 1996), onde John Travolta envergou a pele de um piloto da Força Aérea que deliberadamente faz acidentar o seu avião no deserto e decide pedir um resgate pelas armas nucleares que entretanto transportava, sofrendo a oposição do seu jovem co-piloto (Christian Slater).
O filme apresentou pela primeira vez Travolta no papel de vilão, que voltaria a trabalhar com Woo em Face Off (A Outra Face, 1997), a história da troca de identidades entre um polícia e um homicida perigoso (Nicolas Cage).
Woo voltou a brilhar em Mission Impossible 2 (Missão Impossível 2, 2000). Sempre fiel ao género de filme de acção, dirigiu Ben Affleck e Uma Thurman em Paycheck (Pago Para Esquecer, 2003).
Recentemente, o diretor ajudou a produzir o game Stranglehold, para Playstation 3, Xbox 360 e PC. Trata-se de uma espécie de continuação do filme Hard Boiled, estrelado por Chow Yun-Fat.