A "operação de silêncio" efetuada na madrugada no mesmo dia pelas tropas de segurança paquistanesas garantiu o controle da maior parte da "Mesquita Vermelha". O "número dois" da mesquita, Abdul Rasheed Ghazi, e dezenas de elementos armados, esconderam-se num porão e usaram armas de pequeno porte.

Segundo o porta-voz das tropas, oito soldados morreram durante a operação, além de 15 feridos. Ao mesmo tempo, 40 elementos armados foram mortos e 50 pessoas se renderam às tropas governamentais. Pelo menos 26 estudantes conseguiram escapar do local durante a troca de tiros entre as duas partes e estão sob a guarda das tropas governamentais.